Microbiote intestinal, au carrefour entre le virus de la grippe et les surinfections pulmonaires

Ces dernières années, de nombreuses publications scientifiques ont révélé l’impact majeur du microbiote intestinal sur le système immunitaire de l’hôte (1). Une véritable symbiose faite d’interactions mutualistes s’est construite au cours d’une longue coévolution entre ces deux acteurs clés de notre santé. Le dialogue qui les unit favorise le fonctionnement optimal du système immunitaire.  En effet, ces années de recherche ont permis d’établir une forte relation entre le microbiote intestinal et l’état physiopathologique de l’hôte. Le 3 mars dernier, c’est aussi la conclusion à laquelle est parvenue l’équipe de chercheurs du CNRS de l’INSERM (2), dirigée par François Trottein en collaboration avec l’institut Pasteur de Lille, et l’INRAE. Leur étude a révélé pour la première fois chez la souris, que les perturbations du microbiote intestinal, engendrées par le virus de la grippe, favorisent les surinfections bactériennes secondaires. Les pneumonies bactériennes aggravent considérablement le tableau clinique des personnes grippées et sont une cause majeure de décès chez les personnes vulnérables infectées. Il est apparu que le virus de la grippe modifie de façon transitoire la composition et l’activité métabolique du microbiote intestinal, vraisemblablement à cause de la consommation réduite de fibres alimentaires durant la maladie. Ces dernières sont le substrat à partir duquel le microbiote intestinal élabore les acides gras à chaînes courtes qui jouent un rôle essentiel sur le plan de l’immunité, en favorisant à distance l’activité bactéricide des macrophages présents dans les poumons.  L’équipe de chercheurs a pu démontrer qu’un traitement à l’acétate, l’un des principaux acides gras à chaîne courte, réduisait significativement la sensibilité et la survenue des surinfections bactériennes.  Cette découverte est une avancée considérable qui peut avoir des retombées majeures dans la prévention des pathologies associées à d’autres infections virales telles que le coronavirus. Elle offre de sérieuses pistes pour mieux armer les patients contaminés par les virus en réduisant notamment les risques de comorbidité.  

1. Round, J. L., & Mazmanian, S. K. (2009). The gut microbiota shapes intestinal immune responses during health and disease. Nature reviews immunology, 9(5), 313-323.

2. Sencio, V., Barthelemy, A., Tavares, L. P., Machado, M. G., Soulard, D., Cuinat, C., ... & Foligné, B. (2020). Gut Dysbiosis during Influenza Contributes to Pulmonary Pneumococcal Superinfection through Altered Short-Chain Fatty Acid Production. Cell Reports, 30(9), 2934-2947.

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